Las palabras de Oviedo parecen haber sido tomadas en cuenta porque en 1540 se comenzó a construir en el mencionado promontorio una torre abovedada con cuatro cuatro aberturas (troneras) y una plataforma (batería)para cañones. Esta defensa se conoce como la torre original y la batería flotante, por su proximidad al mar.

Al cabo del tiempo la misma cayó en desuso, ya que al disparar los cañones la torre se llenaba de humo, obligando a los soldados a salir del interior para evitar asfixiarse. Como consecuencia de ésto, y en vista del aumento de ataques enemigos, en 1591 se comenzó a construir una muralla que atravesaba la esplanada.

Esta torre junto a la batería flotante, fueron los comienzos de lo que hoy se conoce como el Castillo de San Felipe del Morro (en honor al rey Felipe II de España). Esta fortificación, que comenzó en el siglo XVI (1540) y se terminó en siglo XVIII aproximadamente, domina la entrada a la bahía de San Juan. Su propósito principal era proteger la bahía de los ataques proferidos por los enemigos de España. Esto se logró con unas murallas que se elevan a ciento cuarenta pies sobre el nivel del mar y varios niveles de baterias de fuego donde se emplazaban los cañones para destruir los barcos enemigos que intentaran forzar su entrada al puerto de San Juan. De esta forma El Morro asumió su carácter de cuidadela.

San Felipe del Morro es el más antiguo de los castillos que formaban el sistema de defensa de la plaza de San Juan. De forma triangular, mirando hacia el frente de tierra, hay dos bastiones unidos por una muralla ó cortina. Este es el nivel de mayor elevación, llamado el hornabeque (sexto nivel) cuya función era la de defender contra un ataque terrestre. A través de un puente levadizo al centro de esa cortina se logra acceso a la plaza de armas (quinto nivel) del castillo. Esta plaza comunica, entre otras dependencias, las casamatas con las troneras que miran hacia la entrada de la bahía, donde se emplazaban los cañones. Aquí también se encuentra la rampa de artillería principal, la de mayor longitud en el castillo, esta comunica con el próximo nivel conocido como la batería principal ó batería de Santa Bárbara (cuarto nivel). En este cuarto nivel encontramos la mayor cantidad de troneras, cubriendo un área de casi 180 grados entre la costa norte (Oceáno Atlántico) hasta la entrada y parte del interior de la bahía.

Unas escaleras nos llevan al próximo nivel (tercer nivel) donde encontramos otra serie de componentes del castillo, entre éstos, casamatas con troneras para cañones, los almacenes, la cocina, la letrina y la fragua (dónde se fundía el hierro). Entrando por una de estas casamatas encontramos un túnel corto que nos lleva al interior de la torre original (segundo nivel) con sus antiguas troneras tapiadas y a la batería flotante (primer nivel). En la batería flotante se emplazaban cañones sobre una cubierta desde la cual se disparaban bolas de cañón dirigidas hacia la base del barco enemigo con el fin de hundirlo. También se calentaban las bolas de cañones al rojo vivo antes de dispararlas y así provocar un incendio en las naves enemigas.